运输舰船的选择直接关系到资源调度和战略部署的效率。AC721通用型是最基础的运输舰，适合初期运输任务，仓储和动力系统升级后能稳定完成物资运输或舰队待命任务。FG300侦察舰虽然主要功能是侦查，但也能承担短距离联络任务，不过它的货舱容量较小，不适合大规模资源转移。
中期解锁的中型工程舰是资源采集的核心载具，它们拥有更大的仓储空间和工程值，能高效采集金属、晶体等基础资源。这类舰船通常需要搭配721运输舰混编使用，因为单独工程舰的仓库可能不足以支撑长距离运输，混编能显著提升采矿效率。
战列巡洋舰和航空母舰属于超主力舰，虽然火力强大但运输成本极高，常规任务中不建议调动它们参与运输。除非是同盟级战略物资转移，否则这类舰船更适合留在前线作战。奶船如卫士、苔原等支援型舰船虽然具备维修功能，但仓储能力较弱，运输时需谨慎编组。
后期高阶玩法中，玩家可以通过增援功能突破指挥值限制，实现快速运输。例如用高速侦查舰先行定位，再让工程舰增援过去，能大幅缩短航行时间。但要注意增援后的舰队会变为普通航行速度，曲速航行中不要操作增援。
合理利用采矿平台能节省计划圈并提升运输效率，平台提供的10%-30%采集加成仅对同盟成员生效。若想保护运输线，可在矿区布置防御舰队，但避免使用封锁指令，否则可能引发不必要的战斗损耗。
